摘要
生物发光现象广泛存在于自然界中,不管是在陆地或是海洋都有发光生物的踪迹。其中基于荧光素酶的生物发光系统被广泛研究,启发着人类在基因、表观遗传等方面进行探索,并且开发出一系列相关的检测方法,用于体内体外各方面研究。本文从生物发光系统、荧光素酶的种类以及荧光素酶生物发光检测方法的开发与应用这几个方面进行总结,简要概括近年来基于荧光素酶生物发光检测的研究进展。
生物发光(bioluminescence,BL)现象是一种普遍存在于自然界中的现象,是由生物体在体内进行生物发光反应,产生可见光的现象。在大多数情况下,BL被认为是求偶、阻止捕食者和吸引猎物的一种行
尽管BL反应在分子水平上并未得到充分的研究,但由于其易于检测以及结果可视化的特点,已经成为现代检测技术的重要组成部分之一。其中,荧光素作为生物发光反应的关键底物,关于它的人工合成也一直在被研究和探索着。直至1905年,诺贝尔化学奖颁给了合成荧光素的研究者,从此人工合成荧光素时代拉开序幕。此后荧光染色技术被开发出来,用于特异性地标记细胞中不同的细胞器。再到2008年,有学者从发光水母中获得绿色荧光蛋白,再次被授予诺贝尔化学奖。在此基础上,活体成像技术得到巨大发展。接下来在2014年,超分辨率荧光显微技术获得诺贝尔化学奖,在生物发光荧光分子的作用下,通过光学显微镜技术可以观测到纳米级别的物体。
近年来,荧光素和荧光素酶的结构以及生物发光反应的作用不断被研究和改进着。因此,许多检测方法应运而生,并被广泛应用于体内外的各项研究,包括环境监测、食品检测、分子诊断、药物筛选以及各种生物医学研究。本文简要概述了荧光素和荧光素酶发光反应的原理,以及它们在实际检测中的各种应用。
BL是生物体通过化学反应产生光的能力,属于化学发光的范畴,是自然界令人惊奇的现象之一,存在于一些特定的细菌、真菌、昆虫、植物和海洋生物等种属中。常见的生物发光系统一般分为以下4种,见
分 类 | 原 理 | 波长范围 | 特 点 |
---|---|---|---|
萤火虫荧光素系统 | 萤火虫的发光细胞中有荧光素和荧光素酶两种化学物质,荧光素在荧光素酶的作用下,发生氧化反应,形成光源 | 540 ~ 600 nm |
依赖ATP和M |
腔肠素依赖系统 | 以腔肠素为底物的荧光素酶在有分子氧的条件下,氧化腔肠素,产生高能量的中间产物,并在此过程中发射蓝色光 | 450 ~ 500 nm | 只需要氧气 |
细菌生物发光系统 | 由分子氧作用,胞内荧光酶催化,将还原态的黄素单核苷酸及长链脂肪醛氧化为氧化型黄素单核苷酸(FMN)和长链脂肪酸氧化物,同时释放出最大发光强度在450 ~ 490 nm处的蓝绿光 | 450 ~ 490 nm | 极易受到外界条件的影响 |
真菌系统 | 从咖啡酸出发,依赖分子氧、荧光素、NAD(P)H依赖的羟化酶和荧光素酶,形成氧化荧光素并发光 | 520 ~ 530 nm | 发光与温度、湿度有关 |
萤火虫荧光素系统是一组重要的生物发光反应系统,也是目前研究最彻底的一种。虫荧光素经过氧化、热解、发射光、再生成荧光素、储存、释放等一系列反应,形成循环。该过程不仅实现了发光底物的生成与储存,也在反应过程中输出了光信号。大部分反应利用的是一种称为D-荧光素的稳定且无毒的化合物发出黄色、橙色或者红色的光。

图1 萤火虫生物发光周期的6个阶
海洋生态系统中存在着许多发光生物。腔肠素是一种广泛存在于海洋生物中的化学发光单分

图2 各种腔肠素依赖性生物发光系
作为分布最广的发光生物,发光细菌在正常生理条件下发出蓝绿色光。迄今为止,已经发现了30多种发光细菌,但只有5种被详细研究过。这5种发光细菌通过相同的荧光素酶催化机制(

图3 细菌生物发光反应过
生物发光真菌的最早记录可以追溯到两千年前。距今,已发现约100多种发光真菌,分布在9个种属中。所有报道的发光真菌都发出绿光,最大强度在520 ~ 530 nm,并且可能共享一个单一的生物发光系统。2018年,有学者完整描述了一种在真菌中产生生物发光的生化途径,提供了第1个来自真核生物的基因可编码途径。真菌利用一种简单的化合物(α-吡喃酮)作为荧光素,在反应中被不溶性的荧光素酶氧化,只需要氧气就能使反应发出绿光。真菌荧光素生物合成和回收的途径如

图4 真菌荧光素生物合成和回收的途
荧光素酶不是一种具有特定结构的特定分子,凡是可以催化生物发光反应的酶都可以称为荧光素酶,可以是天然的,即来自生物体内的,也可以是在实验室中用基因工程的方法生成。虽然从类型上来说各不相同,但本质上都是生物发光反应的催化剂,用于催化不同的发光反应。常见的几种荧光素酶有以下4种。
萤火虫荧光素酶和点击甲虫荧光素酶是被广泛应用的两大虫荧光素酶。
萤火虫荧光素酶:已经克隆、测序和表征了几种萤火虫荧光素酶,它们具有不同的动力学特性并在黄绿色光谱范围内引起光发射。其中一些被用作生物成像和生物传感器的分析试剂和报告基因,还有被用作细胞内pH和有毒金属颜色调节的指示
点击甲虫荧光素酶:第二大流行的D-荧光素依赖性荧光素酶来源于点击甲虫。该物种使用4种类型的荧光素酶发光,发射光最大波长在绿色(540 nm)到橙红色(593 nm)之间。其颜色可变性、对各种pH的耐受性以及工程变体的可用性使点击甲虫荧光素酶在众多实际应用中应用广
高斯荧光素酶主要来自海洋桡足类——高斯氏菌,这是一类具有生物发光性质的海洋生物。该酶本质上是一种蛋白质,相对分子质量大约为20 kD,通常会从哺乳动物的细胞中分泌出来。在氧气的作用下,该酶能将腔肠素催化氧化,然后发出光信号。它由带有分泌信号肽的N末端可变部分和包含10个高度保守的Cys残基的C末端催化结构域组成,存在多达5个二硫键。在生物医学研究中得到了广泛应用。
广泛使用的腔肠素驱动的海肾荧光素酶是在40多年前发现的,是来自珊瑚的中等大小(36 kD)胞质蛋白。在生物发光反应中可产生稳定的发光信号。但就目前来说,它通过氧化产生蓝色光子的机制仍不清
ATP生物发光检测的反应底物有ATP和D-荧光素。在底物量充足的情况下,当M
ATP是生物的主要能量来源,普遍存在于所有活的生物体中,测量 ATP 是所有微生物存在与否的实时指
Ishimaru
传统的基于虫荧光素酶和D-荧光素检测ATP并用于药敏试验的方法,都是检测细胞内ATP。但有研究者认为只测定细胞内ATP,准确度有待商榷,便将细胞内ATP与其在600 nm处的吸收度(A600)结合起来。Heller
食品、药品等重点产品在生产过程中对环境的洁净程度要求很高。只有对生产环境进行严格的监督和管理,才能提供洁净的环境以及生产出安全、高质量的产品。基于荧光素酶的生物发光检测ATP的方法由于其简单快速的特点已经被广泛用于洁净度的检测中。Tršan
传统的焦磷酸测序方法,使用了4种酶。它们是用于延伸DNA链的DNA聚合酶、用于在腺苷5'磷酸硫酸盐(APS)存在下将PPi转化为ATP的ATP硫酸化酶、用于通过消耗ATP将荧光素转化为氧化荧光素而产生可见光的荧光素酶以及用于降解ATP和未掺入的dNTPs的腺苷三磷酸双磷酸酶。当添加的dNTP与测序引物杂交的模板链中的碱基互补时,就会发生链延伸反应。随后ATP生成并和荧光素酶发生反应产生光信号。光信号被检测为热解图中的峰值。每个峰的相对强度与掺入的核苷酸数量成正比。最后,核苷酸序列由掺入的核苷酸种类和热解图中的峰高确定。在以APS为底物的荧光素酶测定中,很难检测核苷酸掺入反应期间产生的少量PPi,因为会产生很高的背景信号。从PPi产生ATP的另一种方法是使用PPDK和AMP,这种改进大大降低了背景信号。使用了荧光素-荧光素酶的焦磷酸测序,在准确性、系统灵活性和整个测序过程的自动化方面与其他新测序方法相比具有较多优势,使其在测序界榜上有名。
荧光探针是一种小分子传感器,可在特定刺激时暴露出明亮的荧光,是化学、生物学领域里的强大工具。基于封闭策略,许多生物发光探针得到了很好的开发。在各种生物发光系统中,应用最广泛的生物发光系统是萤火虫荧光素系统。萤火虫荧光素系统探针已成功应用于生理过程分析、环境监测、疾病诊断、筛选候选药物,评估治疗效果等方
G蛋白偶联受体(GPCR)处G蛋白依赖性信号级联的激活越早,对测量信号的放大效应就越小。这在精确量化激动剂功效的情况下特别有用,并且在确定与β-arrestin途径相关的激动剂偏倚时至关重要。Littmann
核酸检测方法以荧光定量PCR最为常见,也是实验室的金标准,然而荧光素酶在核酸检测中也有一席之位。Endoh
Ozawa
第1个报告基因系统是在20世纪80年代初期开发的,其最初目的是为了测量酶的活性(作为启动子驱动的转录活性的替代指标)以及分析特定启动子的活性(即,在与报告基因相连的特定启动子的调控下的基因表达)。该系统可以高度敏感地可视化特定启动子的活性。通常,有两类报告系统:用于细胞跟踪的组成型表达报告构系统,以及用于表征特定的组织,肿瘤或信号通路的内源信号分子和转录因子的诱导型报告系统。基于荧光素酶的报告基因系统是生物医学研究中的重要工具。在荧光素酶中,黄素依赖酶的使用最常见。
Goodman
荧光素酶报告基因具有高敏感性、特异性靶点、高通量的特点,能够进行先导化合物的筛选,使小分子有机化合物替代生物大分子作为药物成为可能,包括糖皮质激素、增值抑制剂、抗疟药物等的筛选。在新型冠状病毒大流行中,荧光素酶作为报告基因也贡献出自己的一份力量,在高通量筛选血清学检测方法和药物开发中发挥着关键作
近年来,随着分子生物学与基因组学的发展,出现了很多新型的基于不同水平的蛋白质的研究方法,其中荧光素酶报告基因也在这一方面逐渐发挥作用。Naylor
生物传感器是利用电子组件(换能器)和生物组件来研究生物体的设备。它们通常用于检查生物结构,是有前途的、值得选择性的检测设备,具备作为即时检测工具的巨大潜力。其与分子探针联用使人们能够在分子水平上研究生命系统中的生物学和病理学过程,从而将化学和生物学与医学联系起来。荧光素酶作为一种生物传感器,逐渐用于各方各面,并发挥着不可或缺的作用。
Zhou
将生物发光用于重金属检测的生物传感器并不常见。多数通过发光用于重金属检测的生物传感器都是发射荧光的,并且依赖于发光的强度进行测量;少数是比率型的,需要依赖于光谱变化来产生信号。但萤火虫荧光素酶可以与汞和砷等金属离子偶联形成响应性启动
de la Fuente
不同的发光反应在现代检测技术中占据了不同位置,没有任何一种生物发光系统能完全适用于所有检测和应用。在生物成像中,生物发光和基于荧光的方法的应用重叠,前者主要用于需要高动态范围、背景低或深层组织成像的实验。在细菌生物学的毒性测定和研究中,通常选择细菌生物发光系统。而药物筛选又通常采用 D-荧光素依赖性或腔肠素依赖性系统。并且在为特定应用选择荧光素-荧光素酶时,必须考虑热稳定性、最佳pH、蛋白质大小、细胞或细胞外位置、聚集特性、发射波长、强度等因素。基于荧光素酶的不同检测方法之间的比较见
方 法 | 优 点 | 缺 点 | 应 用 |
---|---|---|---|
ATP生物发光法 | 简单、快速、灵敏高效 | 易受其他因素干扰,不能鉴定细菌的种类 | 微生物检测;药敏试验;洁净度检测;焦磷酸测序等 |
荧光素酶-荧光素探针法 | 低背景、可用于精确定量 | 信号强度不高 | 细胞信号测定;核酸检测;蛋白检测;细胞成像等 |
荧光素酶报告基因系统 | 高敏感性、特异性靶点、高通量等 | 检测仪器较贵 | 基因表达的研究;药物筛选;蛋白研究;检测热原等 |
荧光素酶生物传感器 | 检测快、灵敏度高、稳定性好、线性范围广、不损害检测对象、干扰少 | 不能在电板上直接进行电催化 | 评估蛋白酶活性;检测金属离子;作为示踪剂等 |
目前,基于荧光素酶生物发光的检测工具在合成生物学中的潜力只有很少一部分被挖掘出来。就发光生物体的普遍分布、发光反应在实际应用中的重要性以及其在有机化学、代谢组学和遗传学中使用的范围来看,生物发光可探索的领域还有很多。与此同时,随着每年对生物发光的光物理学、遗传学和生态学的研究,新的发光生物和光通信系统以及新的检测方法也变得更有可能。
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